Zarafa vertelt het verhaal van Maki, een tienjarig jongetje dat ontsnapt aan een slavenhandelaar. En van Zarafa, ‘s werelds eerste giraf in Frankrijk. Hassan, de prins van de woestijn, krijgt namelijk de taak Zarafa naar Parijs te brengen als geschenk aan de Franse koning. Maki reist hen achterna, want hij wil geen afscheid nemen van zijn nieuwe vriendje én heeft beloofd Zarafa terug thuis te brengen.
Hoewel de film teruggrijpt naar een minder fraaie periode uit de Franse geschiedenis – die van de slavenhandel – blijft het op een bijzonder slimme manier een kindvriendelijke vertelling. De hoofdtoon in de film is er één van avontuur en humor. De personages zijn levendig, kleurrijk en schitterend uitgewerkt in een rustige, handgetekende animatie.