Het verhaal van Persepolis begint in 1978 in Teheran, Iran. De 9-jarige Marjane, enig kind van progressieve ouders, houdt van frietjes met ketchup en Bruce Lee is haar grote idool. Maar lang duurt haar zorgeloze bestaan niet. De vroegrijpe en mondige meid groeit op onder een streng fundamentalistisch bewind. Duizenden mensen worden opgesloten of geëxecuteerd, vooral wanneer ze kritiek uiten. De ouders van Marjane vrezen dat de vranke mond van hun dochter problemen zal geven en ze sturen haar naar een internaat in Wenen. Als knappe adolescente en op de rand van de waanzin keert ze terug naar Iran, waar ze zich tussen alle religieuze fanatici niet langer thuis voelt.
Persepolis beschrijft op een eerlijke en begrijpbare manier de complexe geschiedenis van Iran, en is daarnaast een ‘dagboek’ van een intelligent maar eenzaam meisje.